С осени 1999 года, когда российская регулярная армия начала массированное наступление в направлениях Терек и Гудермес, положение карикатурного президента Аслана Масхадова стало более устойчивым, так как требовалась немалая воля для открытого конфликта с армией целого государства. Взывая к молодежи и сравнительно молодому мужскому населению республики, Масхадов умело манипулировал сознанием исламского вайнахского этноса, отдавая приказы вести «газават» — священную войну против захватчиков. В это деле хорошо отличились и ваххабиты.
При том, что силы федералов превосходили военную мощь чеченских сепаратистов многократно, быстрой войны не получилось, чеченские боевики начали совершать партизанские вылазки, не группировались в серьезные соединения, ожесточенно отбивали атаки на небольшие местечки. Именно эта война позволила части боевиков, под предводительством Сулима Ямадаева, перейти на сторону федералов, надев форму внутренних войск РФ. Но к весне 2000 года стало ясно, что многие из сложивших оружие боевиков, перейдя на сторону федеральных войск, незримо продолжали поддерживать бандитский строй. Это породило недоверие Москвы к «расстригам» от ислама, и практика перехода была перенаправлена в другое русло — жителям Чечни разрешили формировать свои батальоны, выступавшие под контролем властей РФ. Муфтий Чечни того периода, Ахмат Кадыров, искренне ненавидевший радикальный ислам, поддержал идею наведения конституционного порядка в республике, и способствовал усилению влияния умеренного ислама, призывая не верить радикалам из-за рубежа.
Война затронула всех
В 1999 году в Чечне находилось, по разным данным, от 3 до 7 тысяч наемников из Украины, Азербайджана, республик Прибалтики, стран Аравийского полуострова — одни воевали за деньги, другие — за идею мирового господства ваххабизма по всей планете. Понятно, что ни о какой консолидации с мировыми исламскими государствами речи и быть не могло, ни одно исламское правительство открыто не поддерживало новый строй в Чечне. Во время войны сравнительно комфортно себя чувствовали головорезы и отъявленные убийцы из боевиков в республиках бывшего СССР, а именно — в Украине, в Грузии, в Латвии, Эстонии. На удивление резко отреагировал на сбор чеченских полевых командиров в изгнании (окрестности Баку, зима 1999 года) президент Азербайджана Гейдар Алиев — силами спецназа группа боевиков была блокирована и в сопровождении полицейского кортежа доставлена на границу с Дагестаном (РФ), где преступники были переданы властям России (Гейдар Алиев уважал отношения с Россией).
К сожалению многие из чеченских боевиков успели просочиться (по данным разных государств) в Иран, Турцию, Казахстан. Часть из них по сей день находится в международном розыске.
Умелыми военными решениями и силами духовенства Чечни во главе с Ахматом Кадыровым к лету 2000 года обстановка на всей территории Чечни стабилизировалась. Ваххабиты ушли в глубокое подполье, но усилиями спецподразделений и спецслужб России были обнаружены:
Руслан Гелаев — уничтожен 28 февраля 2004 года в Дагестане;
Шамиль Басаев — уничтожен 10 июля 2006 года в Ингушетии;
Салман Радуев — задержан, умер 14 декабря 2002 года в камере крытого типа, отбывая пожизненный срок лишения свободы;
Аслан Масхадов — уничтожен 8 марта 2005 года. За местонахождение Масхадова Минобороны РФ обещало денежное вознаграждение в размере 10 миллионов долларов, это могло способствовать его обнаружению.
Последней крупной войсковой операцией в Чечне было освобождение села Комсомольского в начале марта 2000 года. По небольшому селу непрестанно работали несколько штурмовых самолетов, использовались системы залпового огня и крупнокалиберны е артсистемы.